东莞国境口岸医院是一所集医疗、监测、科研、预防、保健、康复为一体，拥有国内外先进医疗设施、高水准医疗技术、多层次服务功能、优美舒适环境的现代化非营利性综合医院；是隶属于东莞出入境检验检疫局的事业性单位；也是东莞市社会医疗保险定点医院和东莞出入境人员传染病体检监测、东莞国际旅行卫生保健中心定点医疗单位。医院经国家质量监督检验检疫总局授权，签发国际通行的《健康证书》及《预防接种证书》。医院的艾滋病HIV抗体初筛检测实验室于2000年经国家卫生部艾滋病监测控制中心审核验收，认定为国家艾滋病毒初筛检测实验室。2004年被广东省检验检疫系统授予“卫生监测工作先进单位”。
医院开设有：内科（消化、内分泌、心血管、神经等）、外科（普外、泌尿、肝胆、整形美容、肛肠、腹腔微创等）、妇科（宫腹腔微创）、计划生育科、不孕不育科、儿科、乳腺科、口腔科、耳鼻喉科、中医科、肝病科、男性科、皮肤科、疼痛康复科、预防保健科、放射科、B超、心电图、医学检验科等全科临床医技科室。医院引进现代最新管理模式，以大专科、小综合为市场走向，瞄准现代医学科学前沿，建立具有高科技含量、特色的妇科诊疗中心、泌尿男科诊疗中心、腹腔镜微创外科中心、生殖健康与不孕不育诊疗中心、肝病诊疗中心、耳鼻喉诊疗中心、医学整形美容中心、疼痛康复中心、体检管理中心等九大重点临床医技科室。
医院拥有数码遥控X光机、德国进口彩超、经颅多普勒（TCD）、美国全自动生化分析仪、酶标仪、全自动基因扩增仪、超显微分子生物检测诊断系统、精子质量分析仪、乙肝病毒基因定性定量检测诊断系统、微波刀、凝固刀、LEEP刀治疗系统、数码电子胃镜、电子阴道镜、德国进口泌尿腔镜、腹腔镜、宫腔镜、前列腺汽化电切、固态源前列腺治疗机、不孕不育症诊疗系统、妇科波姆光谱治疗仪、宫颈糜烂与盆腔炎治疗机、男性性功能康复治疗机、多功能微波治疗机、大型肛肠治疗机、激光治疗机、鼻窦镜、全功能麻醉机、呼吸机、心电监护仪等全科现代化高科技先进的检测、治疗设备。
医院坚持“质量建院、规范办院、科技兴院、科学管理”的方针，树立“病人至上、服务为本、质量第一、诚信为本”的经营理念，推动全新的人性化服务模式，把“创品牌医院，创病人满意医院”作为办院目标，确立“一切以病人为中心”的服务宗旨，全力实现全国“百姓放心医院”的目标，在诊疗技术、服务上精益求精，力争成为东莞市乃至于珠三角地区的具有特色的品牌医院。